Традиция

РНК-полимераза

РНК-полимераза из клетки T. aquaticus в процессе репликации. Некоторые элементы фермента сделаны прозрачными, и цепи РНК и ДНК видны более отчетливо. Ион магния (желтый) располагается на активном участке фермента.

РНК-полимераза — фермент, осуществляющий синтез молекул РНК. В широком смысле, РНК-полимеразой обычно назвают ДНК-зависимые РНК-полимеразы, осуществляющие синтез молекул РНК на матрице ДНК, то есть осуществляющие транскрипцию. Ферменты класса РНК-полимераз очень важны для функционирования клетки, поэтому они имеются во всех организмах и во многих вирусах. Химически РНК-полимеразы являются нуклеотидил-трансферазами, полимеризующими рибонуклеотиды на 3'-конце цепи РНК.

История изученияПравить

РНК-полимераза была открыта независимо Сэмом Вайссом и Джерардом Хурвицем в 1960.[1] К этому моменту Нобелевская премия по медицине в 1959 году уже была присуждена Северо Охоа и Артуру Корнбергу за открытие вещества, которое считали РНК-полимеразой[2], впоследствии оказавшегося рибонуклеазой.

Нобелевская премия по химии в 2006 году была присуждена Роджеру Корнбергу за получение точных изображений молекул РНК-полимеразы в различные моменты процесса транскрипции.[3]

Управление транскрипциейПравить

Файл:Transcription label fromcommons.jpg
Электронная микрофотография нитей ДНК, обвешанных сотнями молекул РНК-полимеразы, слишком маленьких для такого разрешения. Каждая РНК-полимераза транскрибирует нить РНК, которая видна на фотографии как ответвление от ДНК. Отметкой "Begin" указан 5'-конец ДНК, с которого РНК-полимераза начинает транскрипцию; "End" — 3'-конец, у которого транскрипция более длинных молекул РНК завершается.


Управление процессом транскрипции генов позволяет контролировать экспрессию генов и таким образом позволяет клетке адаптироваться к изменяющимся условиям внешней среды, поддерживать метаболические процессы на должном уровне, а также выполнять специфические функции, необходимые для существования организма. Неудивительно, что действие РНК-полимеразы очень сложно и зависит от множества факторов (так, у Escherichia coli идентифицировано более 100 факторов, тем или иным способом влияющих на РНК-полимеразу[4]).


РНК-полимераза начинает транскрипцию с особых участков ДНК, называемых промоторами и производит цепочку РНК, комплементарную соответствующей части нити ДНК.

Процесс наращивания молекулы РНК нуклеотидами называется элонгацией. В эукариотических клетках РНК-полимераза может собирать цепочки из более 2,4 млн элементов (например, такую длину имеет полный ген белка дистрофина).

РНК-полимераза завершает формирование цепочки РНК, когда встречает в ДНК специфическую последовательность, называемую терминатором.

РНК-полимераза производит следующие разновидности РНК:

  • Матричная РНК (мРНК) — шаблон для синтеза белков в рибосомах.
  • Некодирующая РНК или "РНК-ген" — большой класс генов, кодирующих РНК, на которых не может быть построено белка. Самые известные представители этого класса — транспортная РНК (тРНК) и рибосомная РНК (рРНК), сами участвующие в процессе синтеза белка. Однако начиная с поздних 90-х годов XX столетия было обнаружено много других РНК-генов. Это дало возможность предположить, что РНК-гены играют более значительную роль в клетке, чем было принято считать раньше.

РНК-полимераза осуществляет синтез с нуля. Это возможно вследствие того, что взаимодействие начального нуклеотида гена и РНК-полимеразы позволяет ей закрепиться на цепочке и обрабатывать следующие нуклеотиды. Это отчасти объясняет, почему РНК-полимераза обычно начинает транксрипцию с АТФ, за которым следует ГТФ, УТФ и затем ЦТФ. В отличие от ДНК-полимеразы РНК-полимераза обладает также геликазным действием, не требуя таким образом дополнительных ферментов для раскручивания спирали ДНК.

Действие РНК-полимеразыПравить

Связывание и инициирование транскрипцииПравить

В связывании РНК-полимеразы участвует α-субъединица, распознающая элемент ДНК, предшествующий гену (-40…-70 шагов), и σ-фактор, распознающий участок -10…-35. Существует большое количество σ-факторов, контролирующих экспрессию генов. Например: σ70, который синтезируется в нормальных условиях и позволяет РНК-полимеразе связываться с генами, отвечающими за метаболические процессы клетки; или σ32, блокирующий связывание РНК-полимеразы с генами белков теплового шока.

После связывания с ДНК структура РНК-полимеразы превращается из закрытой в открытую. Это превращение включает в себя разделение моноспиралей ДНК с образованием раскрученного участка длиной около 13 шагов. Рибонуклеотиды затем собираются в цепочку в соответствии с базовой нитью ДНК, используемой в качестве шаблона. Суперскрученность молекул ДНК играет существенную роль в деятельности РНК-полимеразы: поскольку участок ДНК перед РНК-полимеразой раскручен, в нем существуют положительные компенсационные супервитки. Участки ДНК позади РНК-полимеразы снова закручиваются и в них присутствуют отрицательные супервитки.

ЭлонгацияПравить

Во время элонгационной фаза транскрипции происходит добавление рибонуклеотидов к цепи и переход от структуры РНК-полимеразного комплекса от открытой к транскрипционной. По мере сборки молекулы РНК участок ДНК перед РНК-полимеразой раскручивается далее, и 13-парный открытый комплекс превращается в 17-парный транскрипционный комплекс. В этот момент промотор (участок ДНК -10…-35 шагов) завершается, и σ-фактор отделяется от РНК-полимеразы. Это позволяет остальному РНК-полимеразному комплексу начать движение вперед, так как σ-фактор удерживал его на месте.

17-парный транскрипционный комплекс содержит гибрид ДНК и РНК, содержащий 8 пар оснований — 8-шаговый участок РНК, соединенный с шаблонной цепью ДНК. По мере выполнения транскрипции рибонуклеотиды добавляются к 3'-концу собираемой РНК, и РНК-полимеразный комплекс движется по цепи ДНК. Хотя в РНК-полимеразе не обнаружено свойств, характерных для 3'-экзонуклеазы, аналогичных проверочной деятельности ДНК-полимеразы, есть свидетельства того, что РНК-полимераза останавливается и корректирует ошибки в случаях ошибочного формирования пар оснований ДНК-РНК.

Добавление рибонуклеотидов к РНК обладает механизмом, очень близким к полимеризации ДНК. Считается, что ДНК- и РНК-полимеразы могут быть эволюционно связаны. Аспарагиновые остатки в РНК-полимеразе связываются с ионами Mg2+, которые, в свою очередь, осуществляют выравнивание фосфатных групп рибонуклеотидов: первый Mg2+ удерживает α-фосфат нуклеотидтрифосфата, подлежащего добавлению в цепочку. Это позволяет осуществить связывание нуклеотида с 3' OH-группой конца собираемой цепочки и таким образом добавить НТФ в цепочку. Второй Mg2+ удерживает пирофосфат НТФ. Общее уравнение реакции таким образом имеет вид:

(НМФ)n + НТФ --> (НМФ)n+1 + ПФi

ТерминацияПравить

Терминация транскрипции РНК может быть ρ-независимой либо ρ-зависимой.

ρ-независимая терминация осуществляется без помощи ρ-фактора. Транскрипция палиндромного участка ДНК приводит к формированию шпильки из РНК, зацикленной и связанной с самой собой. Эта шпилька богата гуанином и цитозином, что делает ее более стабильной, нежели гибрид ДНК-РНК. В результате 8-парный гибрид ДНК-РНК в транскрипционном комплексе сокращается до 4-парного. В случае если эти 4 последние пары оснований составлены слабыми аденином и уридином, молекула РНК отделяется. [5]

Бактериальная РНК-полимеразаПравить

У бактерий один и тот же фермент катализирует синтез трех типов РНК: мРНК, рРНК и тРНК.

РНК-полимераза — достаточно большая молекула. Основной фермент содержит 5 субъединиц (~400 кДа):

  • α2: две α-субъединицы связывают остальные элементы фермента и распознают регулирующие факторы. Каждая субъединица состоит из двух доменов: αCКД (С-концевой домен) связывает первый элемент промотора, и αNКД (N-концевой домен) связывается с остальными компонентами полимеразы.
  • β: эта субъединица обладает собственно полимеразным действием, катализируя синтез РНК. Она осуществляет инициацию процесса и управляет элонгацией.
  • β': неспецифически связывается с ДНК.
  • ω: восстанавливает денатурированную РНК-полимеразу обратно в дееспособную форму in vitro. Также обнаружено ее защитное/шаперонное действие на β'-субъединицу у Mycobacterium smegmatis.

Для связывания с промоторными областями ДНК, основной фермент нуждается в еще одной субъединице — сигма (σ). Сигма-фактор значительно снижает сродство РНК-полимеразы к неспецифичным областям ДНК, и в то же время повышает ее чувствительность к определенным промоторам, в зависимости от своей структуры. С его помощью транскрипция начинается с нужного участка ДНК.

Полный голоэнзим таким образом состоит из 6 субъединиц: α2ββ'σω (~480 кДа). В структуре РНК-полимеразы присутствует канавка длиной 55 Å (5,5 нм) и шириной 25 Å (2,5 нм). Именно в эту канавку помещается двойная спираль ДНК, имеющая ширину 20 Å (2 нм). На длине канавки укладывается 16 нуклеотидов.

Молекулы РНК-полимеразы не растворены в цитоплазме. Когда РНК-полимераза не используется, она связывается с неспецифичными областями ДНК в ожидании открытия активного промотора.

Транскрипционные кофакторыПравить

Существуют белки, связывающиеся с РНК-полимеразой и влияющие на ее поведение. Например greA и greB из E. coli усиливают способность РНК-полимеразы расщеплять шаблон РНК у растущего конца цепи. Такое расщепление может «спасти» застрявшую молекулу РНК-полимеразы, а также, вероятно, участвует в устранении ошибок сборки цепи РНК.

Отдельный кофактор Mfd задействован в транскрипционном восстановлении ДНК. Во время этого процесса РНК-полимераза обнаруживает поврежденные участки ДНК и привлекает другие ферменты для ее восстановления.

Многие другие кофакторы обладают регулирующим влиянием, заставляя РНК-полимеразу экспрессировать или не экспрессировать определенные гены.

РНК-полимераза в эукариотических клеткахПравить

 
Главная субъединица РНК-полимераз-I, II и III у человека

Эукариоты обладают различными типами РНК-полимераз, классифицируемыми по типам РНК, которые они производят:

Существуют также и другие типы РНК-полимеразы, используемые в митохондриях и хлоропластах.

РНК-полимераза у архейПравить

Археи использует один вид РНК-полимеразы, который тем не менее очень похож на три основных типа РНК-полимераз у эукариот. Некоторые ученые предполагают, что архейная РНК-полимераза в определенном приближении может являться эволюционным предком специализированных эукариотических полимераз. [9]

РНК-полимераза у вирусовПравить

 
РНК-полимераза вируса Т7, производящая мРНК (показана зеленым) из шаблонной ДНК. Белок показан фиолетовой лентой. Изображение взято с PDB 1MSW.

Многие вирусы содержат РНК-полимеразу. Пожалуй, наиболее хорошо изученная виручная РНК-полимераза имеется у бактериофага Т7. Эта РНК-полимераза, состоящая из одной субъединицы, похожа на митохондриальную и хлоропластную, а также на ДНК-полимеразу.[10] Считается, что большинство вирусных полимераз произошли от ДНК-полимеразы, а не от сложных многокомпонентных РНК-полимераз.

Вирусные полимеразы очень многочисленны. Многие из них могут использовать в качестве шаблона РНК, а не ДНК, как, например, у вирусов с двуцепочечной РНК или с одноцепочечной РНК негативной полярности. Некоторые вирусы с одноцепочечной РНК позитивной полярности также содержат РНК-зависимые РНК-полимеразы. [11]

Функциональные областиПравить

C-концевой домен РНК-полимеразыПравить

Инициирование транскрипцииПравить

Домен, расположенный на углекислом конце РНК-полимеразы II осуществляет инициирование транскрипции ДНК. C-концевой домен обычно состоит из порядка 52 повторений последовательности Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser [12]. Фактор транскрипции TFIIH, являющийся киназой, гиперфосфорилирует C-концевой домен РНК-полимеразы, тем самым заставляя полимеразный комплекс начать движение от места инициирования транскрипции.

5'-кэппингПравить

Домен углекислого конца также явялется местом связывания с комплексом кэп-синтеза и кэп-связывания. У эукариот после сборки 5'-конца РНК, кэп-синтезирующий комлекс отщепляет гамма-фосфат от 5'-фосфата и присоединяет к нему гуанозинмонофосфат с образованием 5',5'-трифосфатной связи. Синтезирующий комплекс затем отделяется и шапочка из ГТФ связывается с кэп-связывающим комплексом, который в свою очередь связан с C-концевым доменом РНК-полимеразы. Шапочка на 5'-конце эукариотических РНК важна для связывания молекул РНК с рибосомами или с РНК-полимеразой, а также предотвращает разрушение РНК.

СплайсосомаПравить

Углекисло-концевой домен РНК-полимеразы также является областью связывания со сплайсосомными факторами, участвующими в процессе сплайсинга РНК. Эти факторы способствуют осуществлению сплайсинга и удаление интронов в процессе транскрипции РНК.

Мутация в C-концевом доменеПравить

Был проведен ряд исследований поведения РНК-полимеразы при удалении определенных аминокислот из ее C-концевого домена. Показано, что мутации усечения C-концевого домена РНК-полимеразы II влияют на ее способность начинать транскрипцию набора генов in vivo, снижая чувствительность к активационным последовательностям этих генов.

Очистка РНК-полимеразыПравить

РНК-полимераза может быть выделена следующими способами:

А также комбинациями вышеуказанных методов.

См. такжеПравить

СсылкиПравить

  1. ↑ Jerard Hurwitz (Dec 2005). "The Discovery of RNA Polymerase". Journal of Biological Chemistry 280 (52): 42477-85. DOI:10.1074/jbc.X500006200. PMID 16230341.
  2. ↑ Nobel Prize 1959
  3. ↑ Nobel Prize in Chemistry 2006
  4. ↑ Akira Ishihama (2000). "Functional modulation of Escherichia coli RNA polymerase" 54: 499-518. PMID 11018136.
  5. ↑ Farnham PJ; Platt T. (Feb 1981). "Rho-independent termination: dyad symmetry in DNA causes RNA polymerase to pause during transcription in vitro". Nucleic Acids Res. 9 (3): 563-77. PMID 7012794.
  6. ↑ Grummt I. (1999). "Regulation of mammalian ribosomal gene transcription by RNA polymerase I.". Prog Nucleic Acid Res Mol Biol. 62: 109-54. PMID 9932453.
  7. ↑ Lee Y; Kim M; Han J; Yeom KH; Lee S; Baek SH; Kim VN. (Oct 2004). "Гены микроРНК, транскрибируемые РНК-полимеразой II". EMBO J. 23 (20): 4051-60. PMID 15372072.
  8. ↑ Willis IM. (Feb 1993). "RNA polymerase III. Genes, factors and transcriptional specificity". Eur J Biochem. 212 (1): 1-11. PMID 8444147.
  9. ↑ D Langer, J Hain, P Thuriaux and W Zillig (1995) Transcription in Archaea: Similarity to that in Eucarya PNAS 92 5768-5772
  10. ↑ Hedtke et al. (1997) Mitochondrial and chloroplast phage-type RNA polymerases in Arabidopsis. Science 227 809-811
  11. ↑ Paul Ahlquist (2002) RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science 296 1270-1273
  12. ↑ Anton Meinhart1; Patrick Cramer (Jul 2004). "Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3'-RNA-processing factors". Nature 430 (6996): 223-226. DOI:10.1038/nature02679. PMID 15241417.
  13. ↑ Kelly JL; Lehman IR. (Aug 1986). "Yeast mitochondrial RNA polymerase. Purification and properties of the catalytic subunit.". J Biol Chem. 261 (22): 10340-7. PMID 3525543.
  14. ↑ Honda A et al (Apr 1990). "Purification and molecular structure of RNA polymerase from influenza virus A/PR8.". J Biochem (Tokyo) 107 (4): 624-8. PMID 2358436.
  15. ↑ Hager et al. (1990) Use of Mono Q High-Resolution Ion-Exchange Chromatography To Obtain Highly Pure and Active Escherichia coli RNA Polymerase Biochemistry 29 7890-7894
  • Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition, David L. Nelson & Michael M. Cox

Внешние ссылкиПравить

  • DNAi - DNA Interactive: информация и Flash-ролики об РНК-полимеразе.
Источник — https://traditio.wiki/w/index.php?title=РНК-полимераза&oldid=488809